경정청구 기간 도과로 고용증대세액공제 최초공제를 적용받지 못한 경우, 추가공제 가능 여부

고용증대세액공제는 최초공제와 추가공제가 연동되는 구조이기 때문에,
최초공제를 적용받지 못한 경우 추가공제 가능 여부에 대한 해석이 있어 공유합니다.

특히 경정청구 기간 도과로 최초공제를 놓친 경우,
추가공제 역시 배제되는지 여부가 쟁점입니다.


국세청 유권해석 요지

(서면-2024-법규소득-4153, 2025.2.19.)

해석을 살펴보면 다음과 같이 판단하였습니다.

고용증대세액공제 적용 대상 과세연도에
상시근로자 수 증가로 최초공제 요건을 충족하였으나
경정청구 기간 경과로 해당 과세연도에 최초공제를 적용받지 못하였더라도,

이후 과세연도에 고용이 감소하지 않아 추가공제 요건을 충족하는 경우
해당 과세연도에 대한 추가공제는 가능하다.

즉, 최초공제를 ‘실제로 적용받았는지 여부’는 추가공제의 전제 요건이 아니라는 점을 명확히 하였습니다.


쟁점의 핵심: ‘최초공제 요건 충족’ vs ‘최초공제 적용 여부’

실무상 혼동되는 부분은 다음이다.

  • 최초공제를 적용받지 못했으므로
  • 추가공제 역시 불가능하다고 오인하는 경우

그러나 고용증대세액공제 규정을 구조적으로 보면,

  • 추가공제의 전제는 최초공제 요건 충족 사실 + 이후 고용 유지 여부
  • 최초공제를 실제로 공제받았는지는 법문상 추가공제 요건으로 규정되어 있지 않습니다.

사실관계 요약 (국세청 질의 사례)

개인사업자(치과병원)의 상시근로자 수 변동은 다음과 같다.

  • 2017년: 3.25명
  • 2018년: 4명 (증가 → 최초공제 요건 충족)
  • 2019년: 4명 (유지)
  • 2020년: 4명 (유지)

2018년은 경정청구 기간이 도과되어
최초공제를 적용할 수 없었으나,

2019년, 2020년은
고용이 감소하지 않아 추가공제 요건 충족으로 판단되었다.


실무상 시사점

이번 유권해석이 갖는 실무적 의미는 분명하다.

  1. 과거 최초공제 적용 여부만 보고 추가공제를 배제할 필요는 없음
  2. 고용 증가 연도에 대해
    • 실제 공제 적용 여부와 무관하게
    • ‘요건 충족 사실’은 객관적으로 검토 필요
  3. 경정청구 기간이 남아 있는 과세연도에 대해서는 추가공제 적용 가능성 검토가 반드시 필요합니다.

특히 인건비 구조가 안정적인 병·의원, 전문직 개인사업자의 경우
과거 인원 증가 이력이 있다면 추가공제 적용이 가능함에도 누락된 사례가 적지 않을 것으로 보입니다.


정리

  • 경정청구 기간 도과로 최초공제를 적용받지 못했더라도
  • 최초공제 요건을 충족했고
  • 이후 과세연도에 고용이 감소하지 않았다면
  • 다만, 추계 등으로 최초공제요건이 충족되지 않은 상태라면, 추가공제도 불가능한것으로 보입니다.

👉 고용증대세액공제 경정청구 기간 도과하였더라도 최초 공제요건을 충족한 경우 추가공제는 가능

긴 글 읽어주셔서 감사합니다.

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